Tengo una duda con unas frases:

Me molestaba que mi madre quería (o quisiera) que yo comiera sano.

Me molestó que llegara cuando yo ya había hecho el trabajo.

Me molestó que llegó cuando yo ya había hecho el trabajo.

Me molesta que llegue cuando yo ya he hecho el trabajo.

Me molesta que llega cuando yo ya he hecho el trabajo.

Sé que con estos verbos de valoración se debe utilizar el subjuntivo, pero ¿también se permitiría utilizar la forma indicativa? Y si es así, ¿en qué casos?

Los verbos de afección, sentimiento o emoción normalmente inducen el modo subjuntivo, pero admiten ocasionalmente el indicativo. Se trata básicamente de un problema de intencionalidad por parte del hablante cuando quiere enfatizar la realidad de lo que expresa. Estos verbos rigen indicativo cuando se trata de acciones pretéritas o presentes, hechos ciertos cuya realidad se afirma. El carácter real de la acción se sobrepone al contenido emotivo.

«Los verbos de emoción, pese a exigir normalmente subjuntivo, permiten la alternancia:

Lo que nos preocupa es que no escribe.

Lo que nos preocupa es que no escriba.

Con indicativo, el hablante adopta una postura informativa, cosa que no ocurre con el subjuntivo. Algunos autores deducen de esto que el hablante usará obligatoriamente el indicativo cuando lo expresado por la oración subordinada sea desconocido –o al menos así lo crea aquél– por el oyente, adoptando en caso contrario el subjuntivo. Los hechos, sin embargo, contradicen esta opinión, pues a la pregunta

¿Qué es lo que más le molestaba a usted de niño?

la respuesta, a pesar de referirse a algo desconocido para el oyente, puede expresarse tanto en indicativo –que sería lo esperable– como en subjuntivo, sin que por otro lado ambas posibilidades sean indiferentes y, por tanto, sinónimas. Así, pues, tendríamos:

Lo que más me molestaba es que se reían de mí.

Lo que más me molestaba es que se riesen de mí,

cuyas diferencias vienen dadas más bien por el hecho de que la acción de reírse sea vista por el que efectúa la respuesta como algo normal y por tanto real, o meramente eventual, coyuntural y por tanto posible. Así pues, tan solo podríamos hablar en todo caso de uso obligatorio del subjuntivo cuando lo indicativo por la oración sustantiva sea conocido por el oyente, produciéndose así una clara neutralización modal entre indicativo y subjuntivo; por ejemplo, en

Lo que más me ha molestado es que no me hayas felicitado;

pero, aún así, el indicativo, aunque es verdad que menos frecuente, no repugnaría en absoluto, y por lo tanto se trata de una neutralización opcional.» [Porto Dapena, J. A.: Del indicativo al subjuntivo. Valores y usos de los modos del verbo. Madrid: Arco Libros, 1991, p. 117-118]

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«El indicativo regido por verbos de emoción se produce solo cuando se trata de acciones pretéritas o presentes, es decir, de hechos ciertos cuya realidad se afirma. Es lógico, pues, que el carácter real de la acción se sobreponga al contenido emotivo de la cláusula.

Estoy muy satisfecho de que supo terminarlo solo.

Tengo miedo de que tu hermano fue el que se lo dio.

No lo puedo remediar: me da coraje que lo hizo sin permiso.

Mucho me alegra que no ha caído en el vacío mi escrito.»

[Lope Blanch, J. M.: “Algunos usos de indicativo por subjuntivo en oraciones subordinadas”. En: Bosque, Ignacio (ed.): Indicativo y subjuntivo. Madrid: Taurus Universitaria, 1990, p. 181-182]

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«Se dan otras veces ciertos deslizamientos de sentido entre las clases semánticas de predicados, así como variaciones en la estructura informativa de la oración. En efecto, con el indicativo el hablante acentúa el valor informativo de la subordinada. No presenta, pues, su contenido como ordenado, enjuiciado, valorado, etc., en función del significado del predicado principal, al contrario de lo que ocurre con el subjuntivo. [...]

Así con los verbos de afección:

Con indicativo

Inducen indicativo cuando significan aserción.

Afección > aserción: Aunque los sujetos y los complementos oracionales de los verbos de afección se construyen en subjuntivo, algunos de ellos se usan en ocasiones en indicativo, más frecuentemente en el español americano que en el europeo:

Me alegro de que terminaron ya el trabajo;

Me preocupa que lo agarraron a él.

El uso del indicativo en estos casos revela la intención de los hablantes de resaltar el contenido informativo de la subordinada. Una distinción similar explica la alternancia modal con los verbos presumir (de), vanagloriarse (de), jactarse (de), así como censurar, echar en cara, reprochar y otros semejantes. Compárese

Se quejó de que el citado individuo había propalado infundios por la comarca  

con

Se queja de que la impiedad pretenda corromper el estudio de las ciencias naturales.

Con subjuntivo

Inducen subjuntivo cuando significan solo afección.

Afección:

Alba perdió el temor de que su madre la abandonara;

Entonces me entró miedo de que nos viera alguien;

Había tenido la esperanza de que al entrar, Felipe estuviera de lado;

Te da pena que alguien sufra por tu muerte.

Con un subgrupo numeroso de estos predicados las subordinadas sustantivas alternan entre las funciones de sujeto y complemento de régimen, como en

Me alegra que estés aquí ~ Me alegro de que estés aquí;

Me dolió que me engañaras con tu disfraz;

Se duelen de que unas gentes de letras no puedan reunirse ya para leer;

o bien entre dos complementos:

Daniel se lamentaba de que no le hubiera dicho nada de mi viaje;

Lamento que nunca hayas sabido amar.» [RAE: NGLE – Manual, § 25.3.2 y 25.3.3b]

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«El verbo subordinado va en subjuntivo cuando el verbo de la oración principal expresa un sentimiento provocado por lo que se dice en la oración subordinada. Los verbos de sentimiento no informan sobre la verdad de la subordinada: el contenido de esta solo se aducido para señalar los efectos que produce en el ánimo de alguien:

Me molesta que sean tacaños.

Les dolió que no los invitaran a la fiesta.

Nos consoló que nos dijera todo aquello.

He aquí más verbos de este tipo: aburrir, alegrar, apenar, apetecer, disgustar, divertir, doler, encantar, entusiasmar, extrañar, fastidiar, gustar, importar, interesar, lamentar, preferir, sentar, sentir (en uno de sus significados), sorprender, etc. [...]

Los verbos de sentimiento en ocasiones no se limitan –como es propio de ellos– a recoger un hecho que ya se supone conocido para comentarlo: junto al comentario o valoración (que existe), se incluye la información de que lo que se dice en la subordinada ha sucedido, sucede o va a suceder. En este uso “llevan dentro” un verbo de comunicación y, en consecuencia, aparecen en indicativo los verbos de la subordinada que de ellos dependen:

Me preocupa que la Bolsa ha bajado.

(Doy mi reacción ante el hecho, pero a la vez informo de él.)

Me preocupa que la Bolsa haya bajado.

(Recojo un hecho ya conocido para dar mi impresión: fundamentalmente valoro.)

Me quejo de que mi hijo estudia poco.

(Valoro, pero a la vez informo).)

Me quejo de que mi hijo estudie poco.

(Presento el carácter poco estudioso de mi hijo como algo conocido y doy el carácter de información principal al efecto psicológico de ello: fundamentalmente valoro.)

Tengo la satisfacción de que todos me han ayudado.

(Informo de que me han ayudado, y a la vez valoro el hecho.)

Tengo la satisfacción de que todos me hayan ayudado.

(Fundamentalmente valoro.) [...]

Hay verbos que, por tener dos – o más – significados claramente distintos pertenecen a dos – o más – de los grupos de verbos que inducen un modo. En consecuencia, no es raro que, cuando actúan con uno de los significados, lleven siempre subjuntivo en la subordinada, mientras que con el otro permiten la aparición del indicativo, de acuerdo con las normas que rijan cada uno de los grupos a los que se adscriben. [...]

Un grupo de verbos afectados por la regla, que también tienen personalidad propia, son aquellos que, expresando un sentimiento o juicio de valor, pueden limitarse a este empleo o funcional a la vez como verbos de comunicación, esto es, informar al oyente del contenido de la subordinada. En el primer caso llevan subjuntivo o infinitivo; en el segundo, en cambio, indicativo; en el segundo, en cambio, indicativo:

En la construcción a (con indicativo) se comunica un hecho y, a la vez, se hace un juicio sobre él o se alude al sentimiento (negativo en estos casos) que suscita; en b (con subjuntivo) se habla solo de ese juicio o sentimiento, como si el hecho en sí se diera ya por conocido. Recuérdese con cuánta frecuencia los predicados de sentimiento o juicio de valor son factivos.»

[Borrego, J. / Asencio, J. G. / Prieto, E.: El subjuntivo – sus valores y usos. Madrid: SGEL, 1987, p. 33-35, 101-103]